15 декабря второй агрегат был успешно пущен на холостых оборотах. Второй агрегат был поставлен под нагрузку в октябре 2003 года. В то время недостроенная плотина могла обеспечить напор, достигающий только половину проектного. Второй агрегат с временным рабочим колесом за пять лет эксплуатации выработал более 3 млрд кВт ч электроэнергии.
После перемонтажа, вследствие увеличения напора и изменение конфигурации рабочего колеса мощность агрегата возрастет на 150 МВт и достигнет проектной, равной 335 МВт. Мощность станции в целом достигнет 1975 МВт.
Бурейская ГЭС оснащена самым современным оборудованием, в том числе гидросиловым оборудованием, изготовленным предприятиями российского энергомашиностроительного концерна "Силовые машины".