Его история уходит своими корнями еще в начало прошлого столетия, к моменту возникновения авиации на Дальнем Востоке, когда первые авиаторы, совершающие рейсы в дальневосточном небе, поддерживали связь с землей.
5 ноября 1993 года было зарегистрировано ГП "Дальаэроконтроль". Предприятие формировалось путем выделения служб движения, радиотехнического обеспечения полетов и аэронавигационной информации из состава объединенных авиационных отрядов. В декабре 2001 года ГП "Дальаэроконтроль" реорганизовано в "Аэронавигацию Дальнего Востока" - дальневосточный филиал ФГУП "Госкорпорация по ОрВД".
За годы становления и развития "Аэронавигация Дальнего Востока" совершенствовалась не только в плане формирования своей хозяйственной и экономической деятельности, но и, прежде всего, в области улучшения аэронавигационного обеспечения в Дальневосточном регионе. Открывались новые воздушные трассы, вводились в эксплуатацию новые средства радиотехнического обеспечения полетов, совершенствовалась структура воздушного пространства.
География аэронавигационного обеспечения, которое осуществляет "Аэронавигация Дальнего Востока", довольно широка: Хабаровский и Приморский края, Еврейская автономная, Амурская и Сахалинская области, акватории Охотского и Японского морей.
Сегодня "Аэронавигация Дальнего Востока" стоит на пороге новых преобразований. В стадии завершения находится серьезный проект: создание Хабаровского автоматизированного укрупненного центра управления воздушным движением на базе Дальневосточного объединенного района УВД. В течение ближайших двух лет планируется завершить его формирование. В 2010 году благодаря вводу в эксплуатацию новой районной автоматизированной системы УВД управление воздушным движением в ДВФО будет осуществляться из единого центра в Хабаровске. При этом значительно повысится уровень безопасности полетов и увеличится пропускная способность воздушного пространства.