К настоящему моменту следователями Следственного комитета России установлены все непосредственные исполнители и организаторы совершенных терактов. Организатором взрывов на станциях Московского метрополитена являлся Магомедали Вагабов – один из лидеров диверсионно-террористического подполья, действовавшего на территории Республики Дагестан. Вагабов, как и другие соучастники совершенного преступления – Алиев, Щащаев, Магомеднабиев, Рабаданов и Исагаджиев при задержании оказали вооруженное сопротивление и были уничтожены.
Кроме того, установлен и исполнитель терактов – 22-летний уроженец Республики Дагестан Гусен Магомедов. По данным следствия, именно он сопровождал смертниц Шарипову и Абдуллаеву из города Кизляра в Москву, а также руководил их действиями непосредственно в день совершения терактов. Следствием вынесено постановление о предъявлении ему обвинение в совершении террористического акта. В связи с тем, что Магомедов скрылся, по ходатайству следователя судом в отношении него заочно избрана мера пресечения в виде заключения под стражу, он объявлен в международный розыск.
Всего за истекший год с момента терактов следователями Следственного комитета совместно с оперативными сотрудниками ФСБ и МВД России проделан большой объем работы: допрошено более 500 свидетелей, проведено 322 различные судебные экспертизы, в том числе взрыво-технические, химические, технические и другие. Также проведено более 40 обысков. Объем этого дела к настоящему моменту составляет 110 томов. По делу признано потерпевшими 168 человек. Расследование уголовного дела продолжается.
