В первом полугодии 2009 года проводились работы по реконструкции тоннеля № 21 и строительству лавинозащитного сооружения на его северном портале, 3-х мостов на линии Корсаков – Ноглики.
Всего за период с 2004 по 2008 год в рамках проекта сдано в эксплуатацию 25 мостов, проведена реконструкция станции Чехов, построен обходной путь тоннелей № 22 и 23 линии Шахта – Ильинск, пусковой комплекс оптико-волоконной связи на участке Победино – Онор, проведена реконструкция теплотрассы по ул. Институтской в г. Южно-Сахалинск, построены обходные пути на 118-119 км и 119-120 км линии Шахта – Ильинск, проведена реконструкция железнодорожного тоннеля № 21 линии Шахта – Ильинск (1 очередь). Также в это период был проведен капитальный ремонт 25 водопропускных труб и моста на 82 км участка Холмск – Ильинск.
Перешивка железнодорожной колеи острова на ширину общероссийской колеи (1520 мм) позволит снизить среднегодовые эксплуатационные расходы, повысить конкурентоспособность самой дороги, сократить оборот вагонов, обеспечить повышение скорости движения поездов и более интенсивно развивать экономику острова. Сейчас ширина колеи Сахалинской железной дороги – 1067 мм.
Справка: (по материалам Википедии): строительство железных дорог на острове Сахалин началось после русско-японской войны 1904—1905 годов, когда в результате заключения Портсмутского договора южная часть Сахалина, до 50-й параллели, отошла к Японии. Была построена военно-полевая узкоколейная железная дорога Корсаков — Южно-Сахалинск, протяженностью 42,5 км и шириной 600 мм. Её основное назначение — быстро закрепиться на новой территории. Позже она была переведена на размеры обычной японской колеи — 1067 мм. В 1911 году была отстроена ветка Южно-Сахалинск — Стародубское протяженностью 53,5 км. А в период 1918—1921 гг. железнодорожной линией были связаны Невельск — Холмск — Чехов — Томари.
На острове много тоннелей, все они выполнены по габариту принятому на японских железных дорогах. Часть подвижного состава эксплуатируемого на острове также имеет японское происхождение — это японские паровозы и дизель-поезда "Киха". Пассажирские и грузовые вагоны, эксплуатируемые на дороге аналогичны вагонам нормальной колеи, но с тележками колеи 1067 мм. Специально для Сахалинской железной дороги Людиновским тепловозостроительным заводом строились тепловозы с гидропередачей ТГ16 и ТГ22.
Эксплуатационная длина дороги на 1992 год - 1072 км, на 2006 год — 804,9 км. Сокращение длины дороги происходит за счет закрытия малоиспользуемых участков: Дачное — Анива, Долинск — Стародубское и других.
Дорога характеризуется особым климатом (периоды муссонов, снежные заносы), тяжелым профилем. Для связи с материком используется железнодорожная паромная переправа Ванино (Дальневосточная железная дорога) — Холмск. При транспортировке грузов требуется смена тележек грузовых вагонов. Все эти обстоятельства делают себестоимость перевозки грузов по дороге более высокой по сравнению с материковой сетью железных дорог.
По решению ОАО "РЖД" в 2004—2005 годах производилась подготовка к перешивке колеи Сахалинской дороги на ширину 1520 мм. Эта работа будет закончена в 2012 году. В связи с этим потребуется заменить тяговый подвижной состав дороги.